ในซีซั่นที่ 3 ของ Nikita เรื่องราวยังคงเข้มข้นและเต็มไปด้วยความลุ้นระทึก โดยเล่าถึง นิกิต้า (รับบทโดย แม็กกี้ คิว) อดีตสมาชิกขององค์กรลับ Division ซึ่งเคยฝึกฝนเยาวชนที่มีอดีตเลวร้ายให้กลายเป็นนักฆ่ามืออาชีพ นิกิต้าซึ่งสามารถหลบหนีจากองค์กรได้สำเร็จ กลับมาอีกครั้งพร้อมภารกิจสำคัญในการทำลาย Division ให้สิ้นซาก
ในซีซั่นนี้ Division ได้เปลี่ยนแปลงโครงสร้างใหม่ โดยพยายามเปลี่ยนแปลงตัวเองให้เป็นองค์กรที่โปร่งใสและปลอดภัยมากขึ้น หนึ่งในภารกิจหลักของพวกเขาคือการตามล่าและกำจัดกลุ่มนักฆ่าที่ชื่อว่า “Dirty Thirty” ซึ่งเป็นสมาชิกที่แยกตัวและยังคงปฏิบัติการอย่างอิสระ แต่ในขณะเดียวกัน อแมนดา ศัตรูตัวฉกาจของนิกิต้า ยังคงวางแผนต่อต้านและสร้างความวุ่นวายให้กับองค์กร
นิกิต้าและทีมของเธอต้องเผชิญกับภารกิจเสี่ยงตาย การหักหลัง และความท้าทายที่ทดสอบความเชื่อใจระหว่างเพื่อนร่วมทีม ทั้งหมดนี้เพื่อค้นหาคำตอบว่า Division จะสามารถเปลี่ยนแปลงไปในทางที่ถูกต้องและมอบเสรีภาพให้กับสมาชิกได้จริงหรือไม่
