Strike Back Season 3 เปิดเรื่องด้วยการสูญเสียครั้งใหญ่ของ Section 20 เมื่อ Col. Eleanor Grant หัวหน้าหน่วย ถูกสังหารระหว่างการโจมตีโดยผู้ก่อการร้าย ทำให้ Maj. Oliver Sinclair ต้องขึ้นมารับตำแหน่งหัวหน้าหน่วยแทน โดยนำทีมรับมือกับภารกิจที่เสี่ยงอันตรายและเต็มไปด้วยความท้าทาย
ในขณะเดียวกัน Michael Stoneidge เลือกที่จะออกจากหน่วยเพื่อกลับไปเป็นครูฝึกทหารและอยู่ใกล้ภรรยาที่กำลังตั้งครรภ์ ส่วน Damien Scott ยังคงทำงานเป็นทหารชั้นหัวกะทิให้กับ Section 20 ท่ามกลางความกดดันและความยากลำบาก
เมื่อสถานการณ์ของ Section 20 เลวร้ายลง และภารกิจใหม่ที่อันตรายกว่าเดิมเกิดขึ้น สองทหารผู้เก่งกาจอย่าง Stoneidge และ Scott ต้องกลับมาร่วมมือกันอีกครั้งเพื่อเผชิญกับภัยคุกคามที่คุกคามความปลอดภัยของโลก
ซีซันนี้เต็มไปด้วยฉากแอคชั่นที่ดุเดือด การพลิกผันที่ไม่คาดฝัน และการตัดสินใจที่สำคัญในการปกป้องผู้บริสุทธิ์จากศัตรูที่มีพลังและแผนการร้ายแรงมากขึ้นกว่าเดิม
