ในซีซั่นที่ 2 นี้ Nikita (รับบทโดย Maggie Q) ยังคงเดินหน้าต่อต้านและเปิดโปงความลับของ Division องค์กรลับที่ฝึกฝนเยาวชนจากอดีตอันเลวร้ายให้กลายเป็นนักฆ่ามือฉมัง โดยนิกิต้าเองเคยเป็นส่วนหนึ่งของ Division ก่อนที่จะทรยศและหันมาต่อสู้กับองค์กรเพื่อทวงคืนความยุติธรรม หลังจากการสูญเสียคนรักที่ถูกสังหารอย่างลึกลับ
นิกิต้าได้รับความช่วยเหลือจาก Michael (Shane West) อดีตเจ้าหน้าที่ระดับสูงของ Division ที่หันมาร่วมมือกับเธอเพื่อเปิดโปงแผนการอันชั่วร้ายขององค์กร ทั้งคู่มุ่งเน้นไปที่การเปิดเผยข้อมูลลับของ “กล่องดำ” ที่บรรจุข้อมูลเกี่ยวกับปฏิบัติการผิดกฎหมายทั่วโลกของ Division
ขณะเดียวกัน Alex (Lyndsy Fonseca) ซึ่งเคยเป็นพันธมิตรของนิกิต้า ได้ตัดสินใจกลับไปทำงานกับ Division เพื่อค้นหาความจริงเกี่ยวกับการเสียชีวิตของครอบครัวเธอเอง ความสัมพันธ์ระหว่าง Alex และ Nikita ตึงเครียดมากขึ้นเมื่อทั้งสองต้องเผชิญหน้ากันในสถานการณ์ที่ต่างฝ่ายต่างมีเป้าหมายของตัวเอง
ซีซั่นนี้เต็มไปด้วยความตื่นเต้นจากแผนการอันซับซ้อนและการเผชิญหน้าระหว่างตัวละครหลัก Nikita และ Michael ต้องต่อสู้เพื่อขัดขวางแผนการ “Game Change” ซึ่งเป็นโครงการลับของ Division ที่ใช้งบประมาณมหาศาลเพื่อสนับสนุนปฏิบัติการทางการทหารในอิรัก
ความลับที่ถูกเปิดเผย การหักหลังในหมู่พันธมิตร และการเสียสละส่วนตัวกลายเป็นธีมหลักในซีซั่นนี้ เรื่องราวของ Nikita Season 2 ไม่เพียงแต่เจาะลึกความสัมพันธ์ระหว่างตัวละคร แต่ยังเพิ่มความเข้มข้นในด้านการต่อสู้และการวางแผนที่เหนือชั้น ทำให้ผู้ชมติดตามไปจนถึงตอนจบของซีซั่น