หลังจากหน่วยงาน S.H.I.E.L.D. ถูกแทรกซึมโดยองค์กร ไฮดร้า ที่เคยคิดว่าสิ้นสุดไปแล้ว ทุกสิ่งกลับพลิกผันอย่างรวดเร็ว ไฮดร้าครอบงำหน่วยงานในระดับผู้บริหารและเจ้าหน้าที่ปฏิบัติงาน ทำให้ S.H.I.E.L.D. ตกอยู่ภายใต้การควบคุมของศัตรูที่ซ่อนเร้น
ด้วยสถานการณ์อันตึงเครียด ผู้อำนวยการฟิวรี่ ต้องแกล้งตายเพื่อปกปิดตัวตนและหลีกเลี่ยงการถูกตามล่า โคลสัน และทีมของเขาจึงต้องก้าวขึ้นมาเป็นแนวหน้าในการจัดการภัยคุกคาม โดยมุ่งมั่นที่จะทำลายองค์กรไฮดร้าด้วยความพยายามของพวกเขาเอง
ในซีซั่นนี้ ทีมงานของ S.H.I.E.L.D. ต้องเผชิญหน้ากับความลับที่ถูกเปิดเผย รวมถึงการต่อสู้ที่ท้าทายทั้งจากเทคโนโลยีขั้นสูงและศัตรูที่แฝงตัวอยู่ในเงามืด Marvel’s Agents of S.H.I.E.L.D. Season 2 นำเสนอการผจญภัยที่เต็มไปด้วยความระทึกใจ ความลับที่ซับซ้อน และการเสียสละเพื่อปกป้องโลกจากภัยคุกคามที่ยิ่งใหญ่
